Uma das principais mudanças do SEI para o SEI 4.0 refere-se à modernização do layout e à mudança nos ícones e no menu lateral.
O menu lateral foi ordenado alfabeticamente e agora apresenta um campo de busca para facilitar a localização de um menu específico.
Os ícones também foram modernizados, permanecendo na mesma ordem em que se encontravam anteriormente no SEI, de modo que não é difícil a adaptação à nova aparência. A seguir, são apresentadas as correspondências entre os ícones do SEI e do SEI 4.0.
| Tela onde Aparece o Ícone | Ação do Ícone | Ícone SEI 3.x | Ícone SEI 4.0 |
| Controle de Processos | Controle de Processos |  |
 |
| Controle de Processos | Novidades |  |
 |
| Controle de Processos | Usuário |  |
 |
| Controle de Processos | Configurações do Sistema |  |
 |
| Controle de Processos | Sair do Sistema |  |
 |
| Controle de Processos | Enviar Processo |  |
 |
| Controle de Processos | Atualizar Andamento |  |
 |
| Controle de Processos | Atribuição de Processos |  |
 |
| Controle de Processos | Incluir em Bloco |  |
 |
| Controle de Processos | Sobrestar Processo |  |
 |
| Controle de Processos | Concluir Processo nesta Unidade |  |
 |
| Controle de Processos | Anotações |  |
 |
| Controle de Processos | Incluir Documento |  |
 |
| Controle de Processos | Gerenciar Ponto de Controle |  |
 |
| Controle de Processos | Gerenciar Marcador |  |
- |
| Controle de Processos | Processos com Credencial de Acesso nesta Unidade |  |
 |
| Controle de Processos | Acompanhamento Especial | - |  |
| Controle de Processos | Adicionar Marcador | - |  |
| Controle de Processos | Remover Marcador | - |  |
| Controle de Processos | Controle de Prazos | - |  |
| Processo | Incluir Documento |  |
|
| Processo | Iniciar Processo Relacionado |  |
 |
| Processo | Consultar/Alterar Processo |  |
 |
| Processo | Acompanhamento Especial |  |
|
| Processo | Ciência |  |
 |
| Processo | Enviar Processo | |
 |
| Processo | Atualizar Andamento | |
|
| Processo | Atribuir Processo | |
 |
| Processo | Duplicar Processo |  |
 |
| Processo | Enviar Correspondência Eletrônica |  |
 |
| Processo | Relacionamentos do Processo |  |
 |
| Processo | Incluir em Bloco | |
 |
| Processo | Ordenar Árvore do Processo |  |
 |
| Processo | Gerenciar Disponibilizações de Acesso Externo |  |
 |
| Processo | Anotações | |
|
| Processo | Sobrestar Processo | |
|
| Processo | Anexar Processo |  |
 |
| Processo | Concluir Processo | |
|
| Processo | Gerar Arquivo PDF do Processo |  |
 |
| Processo | Gerar Arquivo ZIP do Processo |  |
 |
| Processo | Gerenciar Ponto de Controle | |
|
| Processo | Gerenciar Marcador | |
 |
| Processo | Controle de Processos |  |
 |
| Processo | Pesquisar no Processo |  |
 |
| Processo | Adicionar aos Favoritos | - |  |
| Processo | Comentários | - |  |
| Processo | Controle de Prazo | - | |
| Processo | Solicitar desarquivamento | - |  |
| Documento | Consultar/Alterar Documento | |
 |
| Documento | Acompanhamento Especial | |
|
| Documento | Enviar Processo | |
|
| Documento | Atualizar Andamento | |
|
| Documento | Editar Conteúdo |  |
 |
| Documento | Enviar Documento por Correio Eletrônico | |
|
| Documento | Assinar Documento |  |
 |
| Documento | Gerenciar Liberações para Assinatura Externa |  |
 |
| Documento | Incluir em Bloco de Assinatura | |
|
| Documento | Cancelar Documento |  |
 |
| Documento | Adicionar aos Modelos Favoritos |  |
 |
| Documento | Versões do Documento |  |
 |
| Documento | Gerar Circular |  |
 |
| Documento | Imprimir Web |  |
 |
| Documento | Excluir |  |
 |
| Documento | Consultar Assinaturas |  |
 |
| Documento | Concluir Processo | |
|
| Documento | Incluir Documento | - | |
| Documento | Ciência | - | |
| Documento | Gerar Arquivo PDF do Documento | - |  |
| Documento | Comentários | - | |
Já os ícones seguintes ficarão disponíveis quando o módulo do tramita.gov.br estiver em funcionamento:
| Ação do Ícone | Ícone SEI 4.0 |
| Envio externo de processo |  |
| Consultar recibos (envio externo) |  |
| Cancelar tramitação externa |  |
| Processo bloqueado (envio externo) |  |
Além disso, o SEI 4.0 apresentará novos ícones para sinalização dos processos e documentos:
| Ação do Ícone | Ícone SEI 3.x | Ícone SEI 4.0 |
| Retorno programado (unidade destinatária) |  |
 |
| Retorno programado (unidade remetente) | - |  |
| Inclusão de novo documento ou assinatura |  |
 |
| Processo gerado por meio do peticionamento |  |
 |
| Anotação |  |
 |
| Marcador |  |
 |
| Controle de prazo | - |  |
| Nível de acesso restrito |  |
 |
| Nível de acesso sigiloso |  |
 |
| Documento publicado |  |
 |